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体育学院成立于2001年，下设体育系、运动系、公共体育部、游泳教学训练中心4个教学单位。拥有体育教育、运动训练2个校级一流本科建设专业，体育教育专业2023年通过国家师范类专业二级认证。拥有教育硕士学科教学（体育）方向学位点1个、体育硕士专业学位授权点1个。建设有专业实验室7个，综合体育馆1座，田径馆2座，游泳馆1座，标准田径场5个（含足球场），有设施完善的室外篮球、排球、羽毛球、网球、乒乓球等各类场地，各类场馆总面积130500平方米。

学院是中国体育非物质文化遗产保护和推广单位、国家体育总局啦啦操实验学校、全国大学生体育协会定向越野分会副主席单位、全国学生体质监测联盟理事单位、中国少数民族体育协会院校组副主席单位。现有教职工74人，专职教师63人，其中教授6人，副教授33人，国家级裁判员4人，国家级体育社会指导员5人，国家体育总局“人才计划”2人，学校“3152”高层次人才工程项目学科带头人1人，客座教授3人。

学院在人才培养中形成“立足地域、服务新疆”的目标特色，“多元融合、一专多能”的培养特色，“以赛促教、以训促学”的教学特色。自建院以来，累计为新疆、兵团培养专业体育人才近万人，有70%左右毕业生扎根边疆、建功立业，积极投身于新疆、兵团体育事业和其他相关工作中。学院有11支运动队常年坚持训练，截至2023年各运动队在全国赛事上获69金73银116铜，在省级赛事上获370金368银289铜。

乘着石河子大学作为“双一流”建设高校、“211工程”重点建设高校、国家西部大开发重点建设高校和部省合建高校以及“一省一校”建设的春风，学院正朝着建设新疆一流、西部领先、全国有一定影响力的区域特色鲜明的高水平体育学院目标迈进。