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石河子大学水利建筑工程学院可追溯至1960年中国人民解放军新疆军区生产建设兵团农学院农田水利专业。2001年4月由工学院土木建筑工程系正式更名为水利建筑工程学院。学院现有农业水利工程、土木工程（建筑工程方向和道路桥梁工程方向）、给排水科学与工程、水利水电工程、建筑学、智慧水利等六个本科专业。其中农业水利工程专业入选国家一流本科建设专业和教育部卓越工程师计划，2015年在全疆高校中率先通过国际工程教育专业认证，2018年通过第二轮认证；水利水电工程专业于2022年入选国家一流本科建设专业，2023年通过工程教育专业认证；2019年土木工程专业获批省级一流专业。

学院现有教职员工126人，其中专任教师110人。国务院政府特殊津贴专家3人，国家级人才3人，教育部宝钢优秀教师4人，农业部有突出贡献的中青年专家1人，教育部教学指导委员2人，中国水利教育协会全国水利高等学校水利类专业带头人1人，自治区突出贡献优秀专家1人，特聘教授2人，兵团特聘专家2人，兵团教学名师1人，绿洲学者17人，“兵团英才”10人，兵团中青年科技创新领军人才8人，自治区“天池英才”青年博士11人。

学院拥有“农业工程”一级学科博士点，“农业水土工程”二级学科博士点，土木水利专业博士点，“农业工程”、“水利工程”和“土木工程”3个一级学科硕士点、土木水利专业学位硕士点以及农业工程博士后流动站。拥有农业工程教育部部省合建学科，农业水土工程自治区重点学科，土木工程、水文学与水资源、水利水电工程3个校级重点学科。

在六十余年的办学过程中，学院紧贴区域需求，聚焦行业发展，在干旱区节水灌溉理论与技术、内陆河流域水资源优化配置与高效利用、绿洲盐碱地改良与治理、寒区建筑节能与结构抗震、新型城镇化建设新技术等领域形成了鲜明的研究特色，先后承担完成了国家“九五”、“十五”科技攻关项目，国家“十一五”、“十二五”科技支撑计划项目，国家十三五重点研发专项课题、国家十四五重点研发项目，国家863、973项目、国家自然科学基金重点项目、水利部公益性行业专项项目、中国工程院院士咨询研究项目、兵团科技攻关项目等省部级以上科研项目100余项，取得了一大批科研成果，荣获国家科技进步二等奖1项、省部级科技进步一等奖11项，其他科技成果奖30余项，为新疆、兵团经济社会发展作出了重要贡献。