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石河子大学食品学院前身系1985年创建的石河子农学院食品科学系，石河子大学成立后，归属石河子大学工学院。2001年3月，石河子大学工学院食品科学系正式更名为食品学院。

学院现有食品科学与工程、食品质量与安全、葡萄与葡萄酒工程3个本科专业。2003年学院获批“食品科学与工程”二级学科硕士学位授权点；2011年新增“农业工程”一级学科博士学位授权点——农产品加工工程方向；2017年获批“食品科学与工程”一级学科硕士学位授权点与“生物与医药”专业硕士学位授权点；2022年“食品科学与工程”获批国家一流专业建设点，“食品质量与安全”获批兵团一流专业建设点。

学院现有兵团重点领域创新团队3个，享受国务院政府特殊津贴专家1人、国家级人才项目1人、自治区“天池英才”特聘教授1人、自治区“天山英才”特聘教授4人、“绿洲学者”特聘教授2人、自治区农业产业技术体系专家1人、“天池英才”青年博士14人、“兵团英才”5人、“兵团中青年领军人才”4人、自治区教学能手1人、宝钢优秀教师奖4人。

学院以创建“西北一流食品学科”为目标，聚焦解决新疆和兵团相关产业共性问题，以带动兵团农产品提质增效和区域经济发展为出发点，建设疆内一流创新平台，为新疆及兵团人才培养、科学研究、社会服务和文化传承发挥更大作用。