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石河子大学马克思主义学院成立于2012年3月，是新疆最早成立的马克思主义学院之一，是兵团第一所马克思主义学院。2005年获批马克思主义中国化研究和思想政治教育两个二级学科硕士学位点，2011年获批马克思主义理论一级学科硕士学位点，2023年获批兵团首批重点马克思主义学院，2024年获批全国重点马克思主义学院培育单位。

学院设有学院设有党政办公室、教学科研办公室、研究生管理与学科建设办公室、学生工作办公室（团委）4个内设机构。习近平新时代中国特色社会主义思想概论、马克思主义基本原理、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、中国近现代史纲要、思想道德与法治、形势与政策和简明新疆地方史教程等7个教研室；拥有兵团中国特色社会主义理论体系研究中心、兵团社会发展与国家安全协同创新中心、边疆发展与安全治理研究院等5个学科科研创新平台。

现有专任教师83人，其中，教授12人（含绿洲学者特聘教授3人、“天池英才”特聘教授1人），副教授31人，具有博士学位教师22人，在职攻读博士学位教师13人。教师中荣获“高校思想政治理论课影响力提名人物”2人、教育部思想政治理论教学能手1人、自治区宣传思想文化青年英才1人、“兵团英才”2人、兵团宣传文化事业领军人才1人、兵团思想政治理论课教学能手18人、兵团高校思想政治工作年度人物6人、入选全国高校优秀中青年思想政治理论课教师择优资助计划2人、全国基层理论宣讲先进个人1人。